ふと気がつくとGoogle アナリティクスのナビゲーションサマリーに何も表示されなくなりました。
タイミングを考えるとクロスドメイン設定が原因だと思われたのですが対処法がわからずGoogleのヘルプに連絡しました。
結果的に言えば設定ミスではなく操作の間違いでした。
通常であれば何も触る必要がないナビゲーションサマリーの「現在の選択範囲:/」ですがクロスドメインの設定(恐らくフィルタの設定?)をしたことによりこのままでは何も表示できない状態になっていました。
ここでページを指定してやれば遷移が表示されます。